Egyszerű családban született egy tiroli kis faluban. Prágában tanulta ki a kalapkészítő mesterséget (innen neve is). Minden valószínűség szerint Klagenfurtban került kapcsolatba az anabaptistákkal a 20-as évek elején. 1528-ban egy anabaptista csoportot, mivel nem voltak hajlandóak hadi adót fizetni, elűztek Tirolból. A csoport vezetője, Jacob Wiedemann, a csoport teljes vagyonát összegyűjtötte és így vezette őket a toleránsabb Morvaországba. Hutter ekkor már a tiroli anabaptisták egyik vezetője volt, ezért is bízták meg, hogy vizsgálja meg, alkalmasabb-e Morvaország számukra, mint a Ferdinánd császár alatt egyre intolaránsabbá váló Tirol. Hutter átkelt az Alpokon és a morvaországi anabaptisták között is vezető szerepet kapott. Az elkövetklező években többször utazott Tirol és Morvaország között, többnyire a nyugodtabb vidékre szökő kisebb csoportokat kísérve. 1529-ben kivégezték nővérét, Ágnest, az ő elfogása is többször csak hajszálon múlott. A morvaországi anabaptisták között a 30-as évek elején több vita is támadt, főként az anyagiak birtoklásával és elosztásával kapcsolatban, és a Hutter által vezetett csoport ebben a kérdésben radiklális álláspontot képviselt. Egyházszervezői képességeinek köszönhetően mind a morvaországi, mind a tiroli híveket meg tudta tartani. 1535-ben hosszú hajtóvadászat után fogták el, a hatóságok minden áron megpróbálták elérni, hogy tagadja meg hitét, de ő erre nem volt hajlandó és testvéreit sem árulta el. 1536-ban égették meg Innsbruckban.

Az anabaptista mozgalmon belül Hutter és követői elsősorban a teljes vagyonközösség gyakorlásával tűnnek ki. Hutter értelmezése szerint az Apostolok cselekedeteiben olvasható kitétel, miszerint Mindnyájan pedig, a kik hivének, együtt valának, és mindenük köz vala arra utal, hogy a hívők között nem lehetnek anyagi különbségek. Az Egyesült Államokban élő hutteriták a mai napig ezek szerint az elvek szerint élnek.

Legyetek hálásak az Úrnak, hogy méltónak talált arra, hogy az Ő nevéért szenvedjetek és üldözzenek benneteket. Ez a választottak jutalma ebben a földi börtönben, annak a bizonyítéka, hogy mennyei Atyátok kiválasztott titeket. Így szenvedett az Ő népe Izráel Egyiptomban, a pusztaságban és Babilonban. Az apostolok és Bárány követői így: börtön, száműzetés, kínzás, szenvedés és mártiromság formájában kaphatták meg az Úr kegyét és juthattak annál hamarabb a mennyei paradicsomba. Távol legyen tőletek a szomorúság, tegyetek félre minden bánatot és keserűséget; azzal törődjetek, ami jutalom vár rátok mindazért, amit eltűrtök.